Eine der oben beschriebenen Möglichkeiten, mit Permakultur zu planen, ist die Zonierung. Sie dient unter anderem der Energieeffizienz, zum Beispiel der Optimierung von zurückzulegenden Wegen. Für eine Selbstversorger-Landwirtschaft könnte eine Zonierung zum Beispiel so aussehen:
| Zone 0 | Gilt als Wohn-Zone/Kernbereich, aber auch als Beschreibung des Nutzers eines permakulturellen Systems. |
| Zone 1 | Unmittelbare Nähe von Wohnbereichen. Hier werden Pflanzen angebaut, die täglich genutzt und intensiv gepflegt werden, Kräuter oder Feingemüse. |
| Zone 2 | Gemüsegarten mit weniger intensiver Pflege und Nutzung, wie zum Beispiel Salate, Kohl- oder Wurzelgemüse. |
| Zone 3 | Landwirtschaftliche Zone mit Getreide, Kartoffeln und all denjenigen Anbauprodukten, die weniger Pflege brauchen und jeweils in großen Mengen gleichzeitig geerntet werden. |
| Zone 4 | Wiesen, Obstbäume, Nußbäume. Diese Zone benötigt kaum Pflege. Die Ernte beschränkt sich auf einen bestimmten Zeitpunkt im Jahr. |
| Zone 5 | Wildnis / Urwald als Ruhezone für die Natur. Idealerweise finden hier keine Eingriffe des Menschen mehr statt. |